Từ khi thành lập vào năm 1975, công đoàn Nhà trường trực thuộc Liên đoàn lao động thành phố Đà Nẵng.

Từ tháng 10/2006 đến nay Công đoàn trường trực thuộc Công đoàn Y tế Việt Nam.

Cùng với sự phát triển đi lên của Nhà trường, trong những năm qua tổ chức Công đoàn Trường Đại học Kỹ thuật Y - Dược Đà Nẵng đã ngày càng vững mạnh và phát triển về mọi mặt.

* Chủ tịch công đoàn qua các thời kỳ:

• 1975 - 1982: BS. Nguyễn Minh Đức                 
• 1982 - 1999: BS. Hồ Văn Lâm                             
• 1999 - 2002: DS. Văn Thị Thúy Thanh                  
• 2002 - 2007: ThS. BS. Hồ Thị Thành                   
• 2007 - 2012: ThS.BS. Phạm Thị Thanh Hương     
• 2012 - 2017: CN. Đặng Thị Thư                          
• 2017 - 2022: TS. Lê Thị Thúy                             
• 2023 - 2028: ThS. Nguyễn Thị Hồng Minh