Ngày 26 tháng 3 năm 1963, Trường Cán bộ Quân - Dân Y được thành lập tại sông Re tỉnh Quảng Ngãi trên cơ sở của hai trường: Trường Trung cấp Quân Y trực thuộc Bộ tư lệnh Quân khu V và Trường Cán bộ Y tế Trung - Trung bộ thuộc Ban Dân Y đóng tại phía tây tỉnh Quảng Ngãi.

Từ năm 1975 đến năm 2006 Trường đã trải qua 6 lần đổi tên: Trường Cán bộ Y tế Đà Nẵng năm 1975, Trường Trung học Y tế Đà Nẵng năm 1976, Trường Trung học Kỹ thuật Y tế Đà Nẵng năm 1977, Trường Trung học Kỹ thuật Y tế Trung ương II Đà Nẵng năm 1993, Trường Trung học Kỹ thuật Y tế II - Bộ Y tế năm 1997. Đến ngày 27 tháng 02 năm 2006, Trường Trung học Kỹ thuật Y tế II được nâng cấp lên thành Trường Cao đẳng Kỹ thuật Y tế II - Bộ Y tế theo Quyết định số 907/QĐ-BGDĐT của Bộ Giáo dục và Đào tạo.

Qua quá trình xây dựng và phát triển, ngày 15 tháng 4 năm 2013 Thủ tướng Chính phủ đã ký Quyết định số 595/QĐ-TTg thành lập Trường Đại học Kỹ thuật Y - Dược Đà Nẵng trên cơ sở nâng cấp Trường Cao đẳng Kỹ thuật Y tế II.

Đến nay, Nhà trường đã trải qua chặng đường hơn 60 năm xây dựng, phát triển và hơn 10 năm nâng cấp thành trường đại học. Với những chặng đường đã qua, Nhà trường đã đào tạo ra nhiều thế hệ cán bộ y tế làm việc tại các bệnh viện, cơ quan, đơn vị và góp phần vào sự nghiệp bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khỏe nhận dân.